Los orígenes de la orden Capuchina son relativamente modernos, pues no se configuró como otras a lo largo de la Edad Media, sino en el contrarreformista siglo XVI, como rama surgida de la Orden de Hermanos Menores, más conocida como franciscana. En 1209 San Francisco de Asís fundó una forma de vida monacal de tipo mendicante, que pronto tuvo una increíble proyección por su espíritu de profunda y necesaria reforma de la vida religiosa de la época.Una vez muerto San Francisco aparece una primera escisión. Sus religiosos se dividieron en Conventuales, que vivían en grandes cenobios y en condiciones de vida mucho más fáciles y cómodas, y en Observantes, que guardaban la regla primitiva y que con el transcurrir del tiempo, se dividieron en Descalzos, Recoletos y Capuchinos.
Demasiadas ramas de un espíritu y tronco común, que en 1897, tras los ímprobos esfuerzos del papa León XIII, a excepción de los Conventuales y los Capuchinos que habían desarrollado características y formas de vida personales, se volvieron a reunir formando el Ordo fratrum minorumu Orden de Hermanos Menores.
La orden de Hermanos Menores Capuchinos, como movimiento reformador, se inició en Italia en 1.525, demostrando un gran celo, hasta el punto de que sólo tres años más tarde, en 1.528, fue aprobada la Orden por el papa Clemente VII a petición del padre Mateo de Bassi.